3D打印存在的主要瓶颈有以下几个方面：
1、制造商“不感冒”。生产率低，成本高。尽管3D打印机成本已经降了下来，但单个商品的制造成本高昂的问题依然得不到解决。使用3D打印机制造商品，一个跟一万个成本没区别。单独制造一件商品的成本，远高于大型生产企业制造一万件商品后均摊到每一件商品的成本。3D打印前期需要大量投资，但是利润很差，也无法规模化，很难吸引资本力量大规模加入推动。在可以预见的将来，3D打印技术也不可能完全地取代传统的机械加工。
2、消费者不买账。个性化定制还是“传说”。3D打印制造需要建模，设计离生产太远，漫长的生产周期会撇掉一大群消费者。即便快速响应，相比同类产品高昂的成本和粗糙的精度又得撇掉一群消费者。重要的是，冲动的消费者有时不知道自己需要什么。尽管3D打印有利于个性化与定制化，但大规模需求若姗姗来迟，制造商就会容易出现资金断裂的情况。
3、耗材决定未来。3D打印不是一项高深艰难的技术。它与普通打印的区别就在于打印材料，耗材的扩展，决定了3D打印机的能力边界。目前3D打印的耗材非常有限，现有市场上的耗材多为石膏、塑料、可粘结的粉末颗粒、光敏树脂、沙土等，制造精度、复杂性、强度和质感都达不到高要求，虽然在某些轻工业民用产品领域有些应用，但是离“打印”汽车、肾、脏还差得很远。以色列的object是掌握最多打印材料的公司。它已经可以使用14种基本材料并在此基础上混搭出107种材料，两种材料的混搭使用、上色也已经是现实。但是，这些材料种类与人们生活的大千世界里的材料相比，还相差甚远。不仅如此，这些材料的价格便宜的几百元一公斤，最贵的要四万元左右。而且即便耗材研发成功，规模化生产、材料配比等都是问题。
4、决策者要“挠头”。专利制度成管理新难题。尽管3D打印所开创的未来充满无限想象，但要实现3D打印的广泛商业应用，一些既有的商业规则必须被及时调整和改变。3D打印将挑战现有的专利制度。如果在家里打印一部智能手机，需要的数据范围涉及从芯片到电池的诸多公司。现有的专利制度将使得在打印东西时跟每家公司进行昂贵的专利谈判。其次是管理挑战。要是打印的头盔不合适，谁为此负责?是设计者?还是负责打印的?还是原材料供应商?要是人们买了3D打印机，在家打印枪支和毒品怎么办?这些问题都需要决策者们迅速想出办法，解决消费者和商家的合法权益。
5、投资者还在等待。“钱”途有忧。中国发明家协会曾在2012年组织过一批企业到北京计算中心参观3D打印机实战效果，然而让所有人大跌眼镜的是，到场企业仅有一家对其感兴趣，目的竟然是想做山寨牌眼镜。相比3D打印长达20年的工业化应用，用3D打印机创业乃至让消费者实现家用，3D打印目前还处于婴儿期。不成熟成为该领域的代名词，投资者对工业与创业之间的态度也形成强烈反差。一头是产业资本大举入驻，另一头是侧眼旁观、静观其变。
6、社会风险成本。如同核反应既能发电，又能破坏一样。3D打印技术在初期就让人们看到了一系列隐忧，而未来的发展也会令不少人担心。如果什么都能彻底复制，想到什么就能制造出什么，听上去很美的同时，也着实让人恐惧。
