用户权限管理
安全机制是对组态后的工程原文件、运行文件行使权限的一种设置。在“用户权限管理”中是针对使用者设置的一套安全机制，主要是设置用户名、用户密码、用户组名。每个用户名具有独立的密码，而每个用户组中可以包含有若干个用户，用户可以被多次分配到不同的用户组中。只要对用户组规定了行使的权限，那组中所包含的全体用户便同时享有该权利。在 MCGS软件中，负责人行使最高的权限，用户只能修改其密码而不能删除负责人。负责人可以建立新用户或删除已有的用户，作为系统提供的管理员组也是负责人所不能删除的（不要再建立新的管理员组，否则将不能被删除）。
工程安全管理
在工程安全管理中，系统为用户提供了三项安全保护措施，他们是“工程密码设置”、“锁定软件狗”、“工程运行期限设置”。工程密码设置是对组态好的工程文件行使的一种安全机制，密码一但生成，再次打开组态文件时系统会提示你输入密码，否则不能进入该组态环境。锁定软件狗是为了保护开发者的劳动成果不被盗用而设置的一种安全机制，开发者只要在该菜单选项中调勾，那么组态好的工程文件只能和该软件狗共用，从而保证了工程文件运行的唯一性。工程运行期限设置是对运行环境行使的一种约束，它分为四个时间段进行密码的设定。在组态环境中要想打开工程运行期限设置就得提供密码，否则不能进入对其进行修改。这一安全机制主要是针对乙方向甲方交付工程后，而甲方没有付清项目全款时乙方的一中保护手段，上述无论是哪一种安全机制，都是出于对开发者或使用者权益的一种保护，决不能作为不良动机的一种手段。
